Птичий помет представляет собой сложную и неоднородную структуру, в состав которой входят органические и неорганические соединения.  К неорганическим соединениям относят воду, некоторые соединения азота (аммиак, аммоний), меди, фосфора, калия, цинка, кальция, марганца. К органическим соединениям относят азотистые соединения (белки, пептиды, аминокислоты), углеродные соединения (липиды, глицерины, жирные кислоты, углеводы, в том числе клетчатка, сахара, спирты, летучие кислоты, целлюлозолигнин), сернистые соединения (сульфиды).  Химический состав птичьего помета может в значительной степени колебаться в зависимости от условий кормления и содержания птицы.

Ценность помета как органического удобрения  обуславливается прежде всего содержанием таких химических элементов, как азот, фосфор и калий.  Содержание данных химических элементов в помете для  групп птиц различных видов и различного производственного назначения приведено в таблице 5.

Кроме азота, фосфора и калия, в помете содержится также ряд микроэлементов: кальций — 0,5%, магний — 0,2%, медь — 0,008%, марганец — 0,004%, цинк — 0,0026%, кобальт — 0,08%, сера — 0,14%, бор — 0,0045%.

Содержание некоторых элементов и соединений и их состав в пометной массе может значительно меняться в зависимости от условий и продолжительности хранения. Под воздействием микроорганизмов, солнца, воздуха и других факторов  с веществами, входящими в состав помета, происходят  различные химические превращения, в результате которых одни соединения превращаются в другие, часть из них улетучивается в атмосферу  и теряется.  Так, при разложении органических веществ помета образуются такие летучие вещества, как углекислый газ, метан, водород, молекулярный азот, органические кислоты и ряд других соединений, которые в свою очередь могут подвергаться дальнейшим превращениям.

Таблица 5 — Химический состав птичьего помета, % [3, 8, 10]

В наибольшей степени в результате неблагоприятных условий хранения из помета теряется такой важный элемент, который определяет его удобрительную ценность, как азот. Так, конечным продуктом  разложения многих азотистых веществ является аммиак, который частично улетучивается в атмосферу, частично  связывается микроорганизмами и переходит в состав органических соединений. Способствует ускорению аммиачного разложения азотистых веществ  увеличение влажности помета и повышение температуры в помещении. С другой стороны, азотистые соединения являются средой  жизнедеятельности нитрифицирующих бактерий, конечным продуктом которой является образование молекулярного азота, также улетучивающегося в атмосферу.  Разложение азотистых соединений замедляется в анаэробных условиях.

В результате    неблагоприятных условий хранения        (хороший доступ кислорода, воздействие атмосферных осадков) могут наблюдаться также большие потери фосфора  вследствие разложения фосфорной кислоты (до 40%) до фосфоритного водорода. При этом ценность помета как удобрения также существенно снижается.